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要在Jenkins中配置Gitee Webhook触发流水线来部署前后端Spring Boot应用和Vue前端应用，并使用Nginx作为代理服务器，同时需要使用shell脚本来启动jar包，你可以按照以下步骤操作：

1. 在Gitee仓库中设置Webhook，指向Jenkins提供的Webhook接口。
2. 在Jenkins中创建一个Freestyle项目，配置源代码管理为Gitee，并设置需要触发构建的分支。
3. 在项目配置中添加构建触发器，选择“Gitee”。
4. 配置构建环境，安装必要的工具和依赖，如Maven、Node.js等。
5. 在构建环境中添加步骤，编写shell脚本来构建和部署Spring Boot后端应用和Vue前端应用。
6. 使用shell脚本来启动Spring Boot应用的jar包。
7. 配置Nginx作为反向代理服务器，确保前后端通过正确的代理规则进行通信。
8. 保存并构建项目，以测试配置是否正确。

以下是一个简化的shell脚本示例，用于构建和启动Spring Boot应用：

# 进入后端项目目录
cd backend_project
 
# 使用Maven打包后端应用
mvn clean package
 
# 启动Spring Boot应用，假设jar包名称为app.jar
java -jar target/app.jar
 
# 前端构建和部署
cd ../frontend_project
npm install
npm run build
 
# 拷贝构建结果到Nginx静态资源目录
cp -r dist/* /usr/share/nginx/html

确保在Jenkins中配置了正确的shell执行权限，并且Nginx配置文件中的代理规则已正确设置，以便正确处理前后端的请求。