python版：使用TotalSegmentator工具可在1分钟内自动分割全身117个器官，附批量技巧

# 导入必要的库
import numpy as np
import itk
import sys
from TotalSegmentator import TotalSegmentator
 
# 设置器官映射，这里只是示例，具体映射需要根据实际情况设置
organ_mappings = {
    'Lung': 'L',
    'Heart': 'H',
    # ... 其他器官映射 ...
}
 
# 初始化TotalSegmentator
segmentator = TotalSegmentator()
 
# 加载参考图像，这里需要根据实际情况指定文件路径
reference_image_path = 'path/to/reference/image.nii.gz'
segmentator.load_reference_image(reference_image_path)
 
# 加载要分割的图像
image_path = 'path/to/your/image.nii.gz'
segmentator.load_image(image_path)
 
# 设置输出目录
output_directory = 'output_directory_path'
segmentator.set_output_directory(output_directory)
 
# 开始分割
segmentator.segment()
 
# 获取分割结果
segmentation_results = segmentator.get_segmentation_results()
 
# 处理分割结果
for organ_name in segmentation_results:
    # 获取器官的分割结果
    organ_segmentation = segmentation_results[organ_name]
    
    # 获取器官的映射名称
    mapped_name = organ_mappings.get(organ_name, 'Unknown')
    
    # 保存器官分割结果，这里需要根据实际情况指定文件路径
    output_path = f'{output_directory}/{mapped_name}_segmentation.nii.gz'
    itk.imwrite(organ_segmentation, output_path)
 
# 清除缓存
segmentator.clear_cache()
 
# 注意：以上代码仅为示例，具体实现时需要根据TotalSegmentator库的API文档和实际的文件路径进行调整。

这段代码展示了如何使用TotalSegmentator进行器官分割，并简单说明了如何映射器官名称以及保存分割结果。在实际应用中，需要根据TotalSegmentator的具体API文档和实际的文件路径进行调整。